Es un pueblito muy antiguo, anterior a la Conquista Española.
Los españoles emprendieron sus conquistas en distintos lugares del país, sometiendo los pueblos a su dominio. En el año de 1529 el conquistador Nuño de Guzmán, se detuvo en Numarán a su paso en la conquista de Nueva Galicia, hoy Jalisco. Al consolidarse el gobierno español, en 1562, Numarán recibe el título de pueblo, otorgado por Don Luis de Velasco, segundo virrey de la Nueva España y le asignan, además, la advocación de Santiago. Por muchos años, fue vicaría fija del curato de Pénjamo, pero el señor Portugal lo segregó de este curato y lo agregó al de La Piedad, por las dificultades que "ocasionaba a los feligreses la creciente del río para la cómoda administración de los sacramentos".
A principios del México Independiente, pertenecía al Partido de Puruándiro, era un pueblo de arrieros situados a orillas del río grande, dedicado a curtir pieles, cultivo del maíz y magueyes.
El 24 de abril de 1877, fue constituido municipio con cabecera del mismo nombre.